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根据《危险化学品生产企业安全生产许可证实施办法》的规定，有危险化学品重大危险源的企业在申请安全生产许可证时，除了需要提交规定的文件、资料外，还需要提交与重大危险源相关的特定备案证明文件。我们来逐项分析每个选项： A、预防措施：虽然预防措施对于重大危险源的管理非常重要，但在此上下文中，它并不是需要特别提交的备案证明文件。 B、安全操作规程：安全操作规程是日常操作中的重要指导，但它并不直接对应到需要提交的备案证明文件。 C、应急预案：应急预案是针对可能发生的紧急情况制定的应对措施，对于重大危险源来说，应急预案的制定和备案是至关重要的。因此，这个选项与题目中的要求高度相关。 D、安全生产责任制：安全生产责任制是企业内部的安全管理框架，虽然重要，但并不是此处需要提交的备案证明文件。 综上所述，正确答案是C、应急预案。企业在申请安全生产许可证时，需要提交重大危险源及其应急预案的备案证明文件。【参考解析】
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